植物組織培養基琳瑯滿目，常讓人不知該如何選擇。事實上，不同植物最適合的組培基是經過實驗驗證出來的；又或是反過來說，研究人員一開始可能使用原有的培養基，後來經過加/減成分，讓植物組培效果更好，因而產生新的某某植物專用培養基。不過，除了實驗以外，還是有辦法初步判斷不同的植物該用什麼培養基的。
植物組織培養基大致上可以分為高鹽、中鹽、低鹽和高硝酸鹽培養基。其中高鹽、中鹽和低鹽指的是它們的營養鹽含量，以及它們相對於MS組織培養基含量是多是少。MS組織培養基是所謂的高鹽培養基，它的營養成分非常高，也具有很好的緩衝能力，很適合大多數植物組培；如果把MS組培基中的大量元素減半、微量元素和維生素含量不變的話，就是中鹽培養，如:1/2MS組培基。這類培養基用在對營養鹽需求較少的植物，如: 石斛蘭、食蟲植物等。另外，木本植物常用的WPM組織培養基在營養鹽的含量上，也是屬於中鹽培養基，所以也有人會用1/2MS組培養基取代WPM養木本植物，如: 楊柳、藍莓等；另外，當營養鹽的含量只有MS組織培養基的1/4或更少時，稱為低鹽培養基，如: white培養基。這類培養基用在少數植物，如: 銀杏的莖尖，或者用於誘導生根。
與MS培養基較為不同的是高硝酸鹽培養基，如: B5。Gamborg B5培養基一開始是專為培養大豆開發出來的，後來發現它在豆科、十字花科、蝴蝶蘭等的效果都很好，因而就普遍傳開來。這類培養基的特色是具有較高含量的硝酸鉀， 讓植物有更快速的氮肥來源；另外，較低銨鹽，也有避免後續褐化的功用。
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